轉錄組定序

轉錄組定序

❖ LncRNA定序 (Long non-coding Sequencing)

長鏈非編碼RNA(long non-coding RNAs)是長度大於200nt且不編碼蛋白質的RNAs(不含rRNA)。lncRNAs參與表觀遺傳、轉錄以及轉錄後等多水平的調控過程。

樣本需求

1. RNA總量 ≧ 1.5 ug
2. RNA 濃度 ≧ 100 ng/ul
3. 260/230≥1.5
4. 260/280≥1.8

定序規格

1. 15-20M, paired-end 150 bp
2. 30M, mRNA

❖ Small RNA定序 (Small Sequencing)

Small RNA測序主要是收集樣本中18~30nt的RNA片段,主要包括miRNA、piRNA和siRNA,它們主要功能是誘導基因沈默、基因轉錄後的調控,從而調整細胞生長、分化及個體發育、生殖等重要生物學過程。

樣本需求

1. RNA總量 ≧ 1.5 ug
2. RNA 濃度 ≧ 200 ng/ul
3. 260/230≥1.5
4. 260/280≥1.8

定序規格

1. 5-10M, single-end 50 bp
2. >30,000 reads / sample

❖ Circ RNA定序 (Circular RNA Sequencing)

環狀RNA呈封閉環狀結構,對Rnase不敏感,比線性RNA更穩定,並廣泛存在於人和動植物中。針對有參基因組樣本進行建庫測序可準確的對其進行鑒定以及來源基因的分析,深入探索其在轉錄調控中發揮的重要功能。

樣本需求

1. RNA總量 ≧ 10 ug

定序規格

1. >8 G rawdata base, Pair-end 150 sequencing