表現基因組定序

表現基因組定序

❖ 染色質免疫沉澱定序 (ChIP Sequencing)

染色質免疫共沈澱(ChIP)是研究蛋白質與DNA相互作用的方法,可用於研究組蛋白修飾、特定轉錄因子的基因調控作用等。ChIP-seq是采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沈澱後,分離與其結合的基因組DNA片段後,通過高通量測序後進行分析、尋找目的蛋白的DNA結合位點。

樣本需求

1. DNA 總量 ≧ 20 ng
2. DNA 濃度 ≧ 1 ng/ul
3. 1.8 ≤ A260/A280 ≤ 2.0
4. 2.0 ≤ A260/A230 ≤ 2.2

定序規格

1. >6 G rawdata base, Pair-end 150 sequencing
2. 資料量 > 20M

❖ 甲基化DNA免疫沉澱定序 (MeDIP Sequencing)

在不改變DNA序列的前提下,利用DNA甲基化是(NA化學修飾的一種形式),改變遺傳表觀。DNA甲基化在維持細胞正常功能、傳遞基因組印跡,胚胎發育、腫瘤發生等方面發揮重要作用。透過找出基因組上有甲基化的區域,進而比較不同細胞、組織間的甲基化差異。

樣本需求

1. DNA總量 ≧ 5 ug
2. DNA 濃度 ≧ 50 ng/ul
3. 260/230≥1.5
4. 260/280≥1.8

定序規格

1. >90 G rawdata base, Pair-end 150 sequencing
2. 資料量 > 5G(人類)