微生物組定序

微生物組定序

❖ 16S擴增子定序 (16S Sequencing)

16S 擴增子定序普遍用以針對細菌16S rRNA基因中v3-v4區域(~460bp)透過聚合酶鍊鎖反應(PCR)做專一性的PCR並透過次世代定序平台(MiSeq/HiSeq)做定序。相較於傳統的微生物鑑別方式,次世代定序平台能同時檢測大量的樣品並且能快速且精準地提供微生物的菌種鑑定與菌種豐富度等資訊。

樣本需求

1. DNA 總量 ≧ 200 ng
2. DNA 濃度 ≧ 5 ng/ul
3. OD260/280>1.7

定序規格

1. Illumina MiSeq/HiSeq, paired-end 250 bp
2. >50,000 reads / sample

❖ 18S/ITS擴增子定序 (18S/ITS Sequencing)

18S及ITS 擴增子定序普遍用以針對真菌18S/ITS rRNA基因,病透過聚合酶鍊鎖反應(PCR)做專一性的PCR再透過次世代定序平台(MiSeq/HiSeq)做定序。相較於傳統的微生物鑑別方式,次世代定序平台能同時檢測大量的樣品並且能快速且精準地提供真菌菌種鑑定與菌種豐富度等資訊。

樣本需求

1. DNA 總量 ≧ 200 ng
2. DNA 濃度 ≧ 5 ng/ul
3. OD260/280>1.7

定序規格

1. Illumina MiSeq/HiSeq, paired-end 250 bp
2. >30,000 reads / sample

❖ 總體基因體定序 (Shotgun metagenomic sequencing)

總體基因體定序乃利用基因組學的研究策略研究樣品所包含的全部微生物組成,並探索微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能及代謝網路等,並廣泛應用於醫學、農業、海洋、及極端環境等領域。

樣本需求

1. DNA 總量 ≧ 5 ug
2. DNA 濃度 ≧ 30 ng/ul
3. 260/230≥1.5
4. 260/280≥1.8

定序規格

1. 腸道微生物建議數據量5G,土壤環境微生物建議數據量10G
2. Pair-end 150 sequencing